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Pheno flags

WebIf your alternate phenotype file contains more than one phenotype, then adding the --all-pheno flag will make PLINK cycle over each phenotype, e.g. instead of a single plink.assoc output file, if there are 100 phenotypes, PLINK will now show plink.P1.assoc plink.P2.assoc ... plink.P100.assoc Naturally, it will take 100 times longer... Web16. jan 2024 · Most of PLINK's calculations operate on tables of samples and variant calls. The following flags are available for defining the form and location of this input, and …

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PLINK: Whole genome data analysis toolset - Harvard University

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Errors and warnings - PLINK 2.0

Category:PLINK: Whole genome data analysis toolset - Harvard University

Tags:Pheno flags

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Web0 Followers, 0 Following, 0 Posts - See Instagram photos and videos from PHENO FLAGS (@phenoflags) Web16. jan 2024 · These flags perform simple linear regressions and evaluate delete-d jackknife standard error estimates. --regress-distance regresses genomic distances on pairwise average phenotypes and vice versa, while --regress-rel regresses genomic relationships on pairwise average phenotypes and vice versa.

Web29. mar 2024 · Common Warnings include: "--xyz flag deprecated. Use ..." When this is a Warning, it indicates that, although the flag still works for now, backward compatibility is likely to be dropped before PLINK 2.0 is complete. If you expect to reuse the same script next year, updating is recommended. "No output requested. Exiting."

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